但我确已还清，该如何澄清并制止她的行为？

您已还清债务却遭骚扰，可报案处理。依据《治安管理处罚法》，骚扰他人可处拘留或罚款，严重者将受法律严惩，不及时制止可能影响生活安宁。
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已还清被骚扰，可如此处理：1.保留还款证据，如转账记录、收据等，作为澄清事实的依据。2.骚扰严重时，立即报警，并向警方提供骚扰证据，请求依法处理。3.考虑起诉对方侵犯名誉权，要求赔偿并制止其行为。4.尝试与对方沟通，解释已还款事实，寻求和解，避免矛盾升级。
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对骚扰，您可报警、起诉或协商。若骚扰严重，建议直接报警；若希望彻底解决问题，可考虑起诉；若希望和平解决，可先尝试协商。